MirGeneDB ID | Cte-Mir-279-o13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-2720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-279-o11 Cte-Mir-279-o12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lpo-Mir-279-P13 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_39: 146223-146291 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o13) |
Mir-279-o12
CAPTEscaffold_39: 146002-146056 [+]
Ensembl
Mir-279-o13 CAPTEscaffold_39: 146223-146291 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUCCUUUUCUCUGCUGACUGCCUGUCUGUCUGGGUAAUCGCUCUAGACCAUGUGAUGUCGCAUGCUGCAGCGCUCAUGACUAGAGAGUUUACUCAUCCAGAGAGUAGUCUCCUUCUUCUCAUUGUUAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUCCUUUUCUCUGCUG---| C G UC UCG AC GUGAUGUCGCA ACUGC U UCUG UGGGUAA CUCUAG CAU U UGAUG A AGAC ACUCAUU GAGAUC GUA G GAUUGUUACUCUUCUUCCUC^ - G CU UGA A- CUCGCGACGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the Drosophila Mir-279s relate to the other invertebrate Mir-279s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-279-o13_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0013554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGGUAAUCGCUCUAGACCAU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-279-o13_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013555 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- UGACUAGAGAGUUUACUCAUCC -69
Get sequence
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