MirGeneDB ID | Cte-Mir-2-o40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-2d-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-2-o36 Cte-Mir-2-o37 Cte-Mir-2-o38 Cte-Mir-2-o39 Cte-Mir-2-o41 Cte-Mir-2-o42 Cte-Mir-2-o43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_876: 29247-29305 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o40) |
Mir-2-o42
CAPTEscaffold_876: 28955-29017 [-]
Ensembl
Mir-2-o41 CAPTEscaffold_876: 29085-29145 [-] Ensembl Mir-2-o40 CAPTEscaffold_876: 29247-29305 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUCCUCACCCUCAUUGAGAACCUGCACUUGAUCAAGGUGGCUGUGUCUUGUGUCCACUGCUUCAAAUCACAGCCUGCUUUGGUCAUUUGCUGGUUUUUCAUCACCUUGUGAAAUGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUUCCUCACCCUCAUU-- U CU -| UC UGUCC GAGAACC GCA UGAUCAAGGU GGCUGUG UUG A UUUUUGG CGU ACUGGUUUCG CCGACAC AAC C UUGUAAAGUGUUCCACUAC U UU U^ UA UUCGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-2-o40_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUCAAGGUGGCUGUGUCUUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-2-o40_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAUCACAGCCUGCUUUGGUCAUU -59
Get sequence
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