MirGeneDB ID | Cte-Mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1998 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Efe-Mir-1998-P1 Efe-Mir-1998-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_24: 172651-172724 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1998) |
Mir-2000
CAPTEscaffold_24: 172461-172517 [-]
Ensembl
Mir-1998 CAPTEscaffold_24: 172651-172724 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUACCACGUACAUCUGCUGGGUCUGGUGGUGUAUAUUUCCGCGUCCAGACUCUUUGUGGUCCUGCAAUGGCAAAUUAUCGAGUUGAACGCAGAGAUGUACAUCACCAACCGCAGACCAAAUCAACACCCUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUACCACGUACAUCUG-- -| C C CCA CUUUGUGGUCCUGC CUG GGU UGGUGGUGUAUAUUUC GCGU GACU \ GAC CCA ACCACUACAUGUAGAG CGCA UUGA A CUAUCCCACAACUAAACCA G^ - A AG- GCUAUUAAACGGUA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-1998_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAUAUUUCCGCGUCCAGACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-1998_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
52- GUUGAACGCAGAGAUGUACAUC -74
Get sequence
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