MirGeneDB ID | Cte-Mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1987 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Efe-Mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_122: 378005-378063 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1987) |
Mir-2705
CAPTEscaffold_122: 377049-377108 [+]
Ensembl
Mir-1987 CAPTEscaffold_122: 378005-378063 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACCAUGACCUUUGUUUGCCAGCGACAAUCACGACUUUACUUCUGAGCAUCUUGUUCUUGGCUGCAAACUGCCAGAUGUAAUGUUGUGCACGAAGUUGGUCCAGCCUCAAACAUGGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACCAUGACCUUUGUUU--| GACAAU U U A UCUUGUUCU GCCAGC CACGAC UUAC UCUG GCA U UGGUUG GUGUUG AAUG AGAC CGU G AGAGGUACAAACUCCGACC^ AAGCAC U U - CAAACGUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | A star has not yet been recorded from this miRNA but it is deeply conserved across annelids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-1987_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGACUUUACUUCUGAGCAUCUU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-1987_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACUGCCAGAUGUAAUGUUGUGC -59
Get sequence
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