MirGeneDB ID | Cte-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1986 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cgi-Mir-1986 Efe-Mir-1986 Lan-Mir-1986 Lgi-Mir-1986 Npo-Mir-1986 Obi-Mir-1986 Ovu-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_12: 607156-607216 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1986) |
Mir-1990-P1
CAPTEscaffold_12: 600050-600112 [+]
Ensembl
Mir-2692 CAPTEscaffold_12: 600189-600249 [+] Ensembl Mir-1990-P2 CAPTEscaffold_12: 606811-606875 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCAGCCCUGCAACAGAGGCACGGCACAGGCACGGGUCACGGGGAAUGCGCAUGCGCAAAUGACAUCUGUGGAUUUCCCAUGAUCCGUAACUGCGUCCUGCUCAAUGUCGUUUGCUGAACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCAGCCCUGCAACAGA--| C A GC C G UGCGCAA GGCA GGC CAG ACGGGUCA GGGGAAU CGCA \ UCGU CUG GUC UGCCUAGU CCCUUUA GUGU A UCAAGUCGUUUGCUGUAAC^ C C AA A G CUACAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-1986_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACGGGUCACGGGGAAUGCGCA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-1986_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGAUUUCCCAUGAUCCGUAAC -61
Get sequence
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