MirGeneDB ID | Cpo-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-505-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-505-v1 Cfa-Mir-505-v1 Dno-Mir-505-v1 Ete-Mir-505-v1 Hsa-Mir-505-v1 Mml-Mir-505-v1 Mmu-Mir-505-v1 Ocu-Mir-505-v1 Rno-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_79: 2306789-2306847 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v1) |
Mir-505-v1
scaffold_79: 2306789-2306847 [+]
UCSC
Mir-505-v2 scaffold_79: 2306789-2306847 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGCGGUGGUAAAUUGAUGCACUCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUGCGGUGGUAAAUUG---| A U U G A UCUGC AUGC C CAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGUU \ UACG G GUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCGA C CUUUUAGGUGCUUGAACCAC^ A - U G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-505-v1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-505-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CGUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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