MirGeneDB ID | Cpo-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-361-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-361-v1 Cfa-Mir-361-v1 Dno-Mir-361-v1 Ete-Mir-361-v1 Hsa-Mir-361-v1 Mml-Mir-361-v1 Mmu-Mir-361-v1 Ocu-Mir-361-v1 Rno-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_26: 13411983-13412045 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v1) |
Mir-361-v1
scaffold_26: 13411983-13412045 [+]
UCSC
Mir-361-v2 scaffold_26: 13411984-13412044 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACAGUGAUUCUUUCCUGGGAUUUGGAAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAUAAUUUGUAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCUCCUUUGAGAAUCACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACAGUGAUUCUUUCCU-- UUU UU U--| A U UUAUAAU GGGA GGAAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC \ UCCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U GUCACUAAGAGUUUCCUCC CUU UU UGU^ A C AAAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-361-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-361-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -63
Get sequence
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