MirGeneDB ID | Cpo-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-208b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-208-P1 Cfa-Mir-208-P1 Dno-Mir-208-P1 Dre-Mir-208-P1 Ebu-Mir-208-o1 Ete-Mir-208-P1a Ete-Mir-208-P1b Gmo-Mir-208-P1 Hsa-Mir-208-P1 Lch-Mir-208-P1 Loc-Mir-208-P1c Loc-Mir-208-P1d Loc-Mir-208-P1e Mal-Mir-208-P1 Mdo-Mir-208-P1 Mml-Mir-208-P1 Mmu-Mir-208-P1 Mun-Mir-208-P1 Ocu-Mir-208-P1 Rno-Mir-208-P1 Sha-Mir-208-P1 Sto-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_13: 17445268-17445324 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P1) |
Mir-208-P1
scaffold_13: 17445268-17445324 [+]
UCSC
Mir-208-P2 scaffold_13: 17471070-17471126 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCCAGCCCUACCUCCUGCUCCUCUCAGGAAAGCUUUUUGCUCGAAUUAUGUUUCUCAUCCAAAUAUAAGACGAACAAAAGGUUUGUCUGAGGGCUGAGUGCUCCCACCUAGGGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCCAGCCCUACCUCCUG --| GA C AA UUCUC CUC CUCUCAG AAGCUUUUUG UCG UUAUGU \ GAG GGGAGUC UUUGGAAAAC AGC AAUAUA A GACGGGAUCCACCCUCGU UC^ UG A AG AACCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-208-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGCUUUUUGCUCGAAUUAUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-208-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUAAGACGAACAAAAGGUUUGU -57
Get sequence
|