MirGeneDB ID | Cpo-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mdo-Mir-15-P1c-v2 Mml-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mmu-Mir-15-P1c-v2 Mmu-Mir-15-P1c-v3 Mun-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-450-P3
scaffold_128: 2872948-2873006 [-]
UCSC
Mir-450-P2 scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC Mir-450-P1 scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC Mir-542 scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC Mir-15-P2c scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC Mir-15-P1c scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAUCCCCCUUCGCUGACUCCGAGGGGAUGCAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAAGUAUUCUAAACUGUUCAAAACGUGAGGCGCUGCUAUACCCCCUCGUGGGAAAUUAGAAAGUGGGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAUCCCCCUUCGCUGA- -| A C AA GUAUUC CUC CGAGGGG UG AGCAGC UUCAUGUUUUGAA \ GGG GCUCCCC AU UCGUCG GAGUGCAAAACUU U UAGGGGUGAAAGAUUAAA U^ C A CG GUCAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-15-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-15-P1c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAAAACGUGAGGCGCUGCUAUA -59
Get sequence
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