MirGeneDB ID | Cpo-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-15b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P1b Ami-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1b Cin-Mir-15-P1 Cli-Mir-15-P1b Cmi-Mir-15-P1b Cpi-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1b Gga-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1b Gmo-Mir-15-P1b Hsa-Mir-15-P1b Lch-Mir-15-P1b Loc-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1b Mun-Mir-15-P1b Oan-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1b Pbv-Mir-15-P1b Rno-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1b Spt-Mir-15-P1b Sto-Mir-15-P1b Tgu-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P1b Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xtr-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_8: 57379064-57379123 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1b) |
Mir-15-P1b
scaffold_8: 57379064-57379123 [+]
UCSC
Mir-15-P2b scaffold_8: 57379204-57379268 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCCUGUAUAUUUGAGGCCUUAAAGUACUCUAGCAGCACAUCAUGAUUUACAUACGUUAGUCAAGAUGCGAAUCAUUAUAUGCUGCUCUAGAAAUUUAAGGAAAUUCAUUCAAACGUAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUCCUGUAUAUUUGAGG--| GUA CU C C UA UACGUU CCUUAAA CU AGCAGCA AU AUGAUU CA A GGAAUUU GA UCGUCGU UA UACUAA GU G AUAUGCAAACUUACUUAAA^ AAA UC A U GC AGAACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-15-P1b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGAUUUACA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-15-P1b_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGAAUCAUUAUAUGCUGCUCUA -60
Get sequence
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