MirGeneDB ID | Cpo-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-147-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v1 Bta-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v1 Gga-Mir-147 Hsa-Mir-147-v1 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v1 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmu-Mir-147-v1 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v1 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_23: 20636311-20636370 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v1) |
Mir-147-v1
scaffold_23: 20636311-20636370 [+]
UCSC
Mir-147-v2 scaffold_23: 20636312-20636369 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUCUUGUCCCAAGUGCUCUAUGAAUCUAGCGGAAACACUUCCGGACAGGCUUGGGUCUGGACACCAGUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUAAGUUUUUAGGGUGUCUGCUUCCUUUGGACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCUCUUGUCCCAAGUG-- U UC A G --| CUUGGG CUCUA GAA UAGCGGAA CACUUCCG ACA GG U GGGAU UUU AUCGUCUU GUGAAGGC UGU CC C UCAGGUUUCCUUCGUCUGU U GA C G GA^ ACAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-147-v1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGGAAACACUUCCGGACAGGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-147-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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