MirGeneDB ID | Cpo-Mir-12072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-12072 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGCUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-12072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_17: 14952640-14952698 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12072) |
Mir-218-P4
scaffold_17: 14934416-14934479 [-]
UCSC
Mir-12072 scaffold_17: 14952640-14952698 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCUCUGGGACAGCCUGCCCCUCCGGCCCUGGGCUGCCCUUGCCUGACUCUGUCUCACUGAUGAGGAGAAAGGAUGAGGCAGGCCAAGGAAGGAGGUGGCCCAAGAUGCACCCAGUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUCUGGGACAGCCU- -| GG C G CUUG GA GUCUCA GCC CCUCC CC UGG CUGCC CCU CUCU \ CGG GGAGG GG ACC GACGG GGA GAGG C CAUGACCCACGUAGAACC U^ AA A G AGUA AA AGUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-12072_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGCUGCCCUUGCCUGACUCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-12072_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGAAAGGAUGAGGCAGGCCAAG -59
Get sequence
|