| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-99b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-10-P1b-v1 Cpo-Mir-10-P1b-v2 Cpo-Mir-10-P1c-v1 Cpo-Mir-10-P1c-v2 Cpo-Mir-10-P2c Cpo-Mir-10-P2d Cpo-Mir-10-P3b Cpo-Mir-10-P3c Cpo-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Aca-Mir-10-P2b Ami-Mir-10-P2b Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Bta-Mir-10-P2b Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cfa-Mir-10-P2b Cgi-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cpi-Mir-10-P2b Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dpu-Mir-10-P2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Ete-Mir-10-P2b Gja-Mir-10-P2b Hsa-Mir-10-P2b Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lch-Mir-10-P2b Lgi-Mir-10-P2 Mml-Mir-10-P2b Mmu-Mir-10-P2b Mun-Mir-10-P2b Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Oan-Mir-10-P2b Obi-Mir-10-P2 Ocu-Mir-10-P2b Ovu-Mir-10-P2 Pbv-Mir-10-P2b Pfl-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Rno-Mir-10-P2b Sha-Mir-10-P2b Sko-Mir-10-P2 Spt-Mir-10-P2b Sto-Mir-10-P2b Tca-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as Xla-Mir-10-P2b1 Xla-Mir-10-P2b2 Xtr-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_70: 6340368-6340427 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P2b) |
Mir-10-P3b
scaffold_70: 6339828-6339887 [-]
UCSC
Let-7-P1b scaffold_70: 6340207-6340273 [-] UCSC Mir-10-P2b scaffold_70: 6340368-6340427 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGGGGCCUGGACUCCUGGGUCCUGGCACCCACCCGUAGAACCGACCUUGCGGGGCCUUCGCCACACACAAGCUCGUGUCUGUGGGUCCGUGUCGGGGGCUCAUCAUCGCGGCUGGGACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGGGCCUGGACUCCU- -| CC AC C CGGGGCCU GGG UCCUGGCAC ACCCGUAGA CGA CUUG U CUC GGGGCUGUG UGGGUGUCU GCU GAAC C CCAGGGUCGGCGCUACUA G^ CC GU C ACACACCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | Based on the 3' moR reads in human (P2b) and platypus (P2c) it appears that this is a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpo-Mir-10-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACCCGUAGAACCGACCUUGCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpo-Mir-10-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAAGCUCGUGUCUGUGGGUCCG -60
Get sequence
|
