MirGeneDB ID | Cpo-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-let-7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Let-7-P1b Cpo-Let-7-P1d Cpo-Let-7-P2a1 Cpo-Let-7-P2a2 Cpo-Let-7-P2a3 Cpo-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b2 Cpo-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c2 Cpo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1c Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1c Cfa-Let-7-P1c Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cli-Let-7-P1c Cpi-Let-7-P1c Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1c Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1c1 Dre-Let-7-P1c2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1c Gja-Let-7-P1c Gmo-Let-7-P1c2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1c Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1c Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1c Mal-Let-7-P1c2 Mml-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1c Mun-Let-7-P1c Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1c Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1c Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1c Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1c Sha-Let-7-P1c Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1c Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1c Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1c Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1c3 Xla-Let-7-P1c4 Xtr-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_34: 6524372-6524438 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1c) |
Mir-10-P3c
scaffold_34: 6481464-6481523 [-]
UCSC
Let-7-P1c scaffold_34: 6524372-6524438 [-] UCSC Mir-10-P2c scaffold_34: 6525110-6525168 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAACAUUGGAAGCUGUGUGCAUCCAGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUAGAGUUACACCCUGGGAGUUAACUGUACAACCUUCUAGCUUUCCUUGGAGCACACUUGAGCCACCGAGGAUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAACAUUGGAAGCUG---| A UU G U UAGAGUUACA UGUGC UCCAGG GAG UAG AGGUUGUAUGGUU \ ACACG AGGUUC UUC AUC UCCAACAUGUCAA C CUUUAGGAGCCACCGAGUUC^ - CU G U UUGAGGGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Let-7-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Let-7-P1c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAACCUUCUAGCUUUCC -67
Get sequence
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