MirGeneDB ID | Cpi-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-449d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-34-P1 Cpi-Mir-34-P2a Cpi-Mir-34-P2b Cpi-Mir-34-P3a Cpi-Mir-34-P3b Cpi-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3d Ami-Mir-34-P3d Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3d Cmi-Mir-34-P3d Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3d Gja-Mir-34-P3d Gmo-Mir-34-P3d Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3d Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3d Mal-Mir-34-P3d Mdo-Mir-34-P3d Mun-Mir-34-P3d Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3d Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Sha-Mir-34-P3d Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3d Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3d Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3d Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3d1 Xla-Mir-34-P3d2 Xtr-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584718: 642854-642912 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3d) |
Mir-34-P3a
JH584718: 640084-640149 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b JH584718: 641059-641119 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3c JH584718: 641224-641281 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3d JH584718: 642854-642912 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUAGAACUAGUUUUGUGUAUGUGCUGAUUAGGCAGUGUAUUGUUAGUUAGCUGUUGUUCACAUACCAGCAACUAAAUACGCUUCCACAUUAGCACACGACCUUGCAUCAAUGUUUAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUAGAACUAGUUUUGUGUA--| UA C GU A UUGUU UGUGCUGAU GG AGUGUAUU UAGUU GCUG C ACACGAUUA CC UCGCAUAA AUCAA CGAC A AGAUUUGUAACUACGUUCCAGC^ CA U -- - CAUAC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpi-Mir-34-P3d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037882 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAUUGUUAGUUAGCUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpi-Mir-34-P3d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GCAACUAAAUACGCUUCCACA -59
Get sequence
|