MirGeneDB ID | Cpi-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-449b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-34-P1 Cpi-Mir-34-P2a Cpi-Mir-34-P2b Cpi-Mir-34-P3a Cpi-Mir-34-P3c Cpi-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Ami-Mir-34-P3b Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3b Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3b Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3b Cmi-Mir-34-P3b Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3b Gga-Mir-34-P3b Gja-Mir-34-P3b Hsa-Mir-34-P3b Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3b Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3b Mdo-Mir-34-P3b Mml-Mir-34-P3b Mmu-Mir-34-P3b Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3b Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3b Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3b Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3b Sha-Mir-34-P3b Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3b Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3b Tca-Mir-34 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3b1 Xla-Mir-34-P3b2 Xtr-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584718: 641059-641119 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3b) |
Mir-34-P3a
JH584718: 640084-640149 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b JH584718: 641059-641119 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3c JH584718: 641224-641281 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3d JH584718: 642854-642912 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUGCCUUGCUUAGGCUCCUUGUGUCUGGUAGGCAGUGUACUGUUAGCUGGCUGCUUUGUGUGAAUCUAGCAGUCUCUACUACACUGUCACCUGCUGCAGGGCCAACUCCCUGUUAUUUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUGCCUUGCUUAGGCU-- -| CU A CUGU CU UUUGUG CCUUGU GU GGU GGCAGUGUA UAG GGCUGC U GGGACG CG CCA CUGUCACAU AUC CUGACG G AUUUUAUUGUCCCUCAACC U^ U- - C--- U- AUCUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpi-Mir-34-P3b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUACUGUUAGCUGGCUGC -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpi-Mir-34-P3b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAGUCUCUACUACACUGUCAC -61
Get sequence
|