MirGeneDB ID | Cpi-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Dre-Mir-194-P2a Dre-Mir-194-P2b Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Gmo-Mir-194-P2a Gmo-Mir-194-P2b Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mal-Mir-194-P2a Mal-Mir-194-P2b Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tni-Mir-194-P2a Tni-Mir-194-P2b Xla-Mir-194-P2c Xla-Mir-194-P2d Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584847: 982519-982578 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-194-P2
JH584847: 982519-982578 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2 JH584847: 983412-983475 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCCCCUGCUGGAAGGUGAUGCCUAUUGGAUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGGUUUCAUCCCUUUUCCAGUGGGGCUGCUGUUAUUUUUGAUAGGCUGUCAGGAGCGUCGCAUGGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCCCCUGCUGGAAGGU- -| UG U A G GGUUUC GAU GCCUAU GA GUAACAGCA CUCCAU UGGAA \ CUG CGGAUA UU UAUUGUCGU GGGGUG ACCUU A CGAGGUACGCUGCGAGGA U^ GU U C - UUCCCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-194-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-194-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCAGUGGGGCUGCUGUUAUUUU -60
Get sequence
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