MirGeneDB ID | Cli-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-7a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-7-P2 Cli-Mir-7-P3 Cli-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P1 Ami-Mir-7-P1 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P1 Cfa-Mir-7-P1 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cmi-Mir-7-P1 Cpi-Mir-7-P1 Cpo-Mir-7-P1 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P1 Dre-Mir-7-P1a Dre-Mir-7-P1b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P1 Gga-Mir-7-P1 Gja-Mir-7-P1 Gmo-Mir-7-P1a Gmo-Mir-7-P1b Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P1 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P1 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P1 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P1a Mdo-Mir-7-P1 Mml-Mir-7-P1 Mmu-Mir-7-P1 Mun-Mir-7-P1e Mun-Mir-7-P1f Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P1 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P1 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P1 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o1 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P1 Sha-Mir-7-P1 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P1 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P1 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P1 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P1c Xla-Mir-7-P1d Xtr-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold150: 999185-999248 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7-P1) |
Mir-1720
scaffold150: 999054-999114 [-]
Mir-7-P1 scaffold150: 999185-999248 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGAGGACAGACGUGGUGCCCAGCUCCCUCUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUGUAUGGCUCAUCCCACCACAACAAGUCACAGUCUGCCCUAGGGUGCGUGGCCUCUCCAGCGAUGCUGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGAGGACAGACGUGGU--| CA U CU A A U UGUAUGGC GCC GC CCCU GG AGACU GUGAUUU GUUGU U CGG CG GGGA CC UCUGA CACUGAA CAACA C GAAGUCGUAGCGACCUCUC^ UG U UC G - - CCACCCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cli-Mir-7-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cli-Mir-7-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAACAAGUCACAGUCUGCCCUA -64
Get sequence
|