MirGeneDB ID | Cli-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-449b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-34-P1 Cli-Mir-34-P2a Cli-Mir-34-P2b Cli-Mir-34-P3a Cli-Mir-34-P3c Cli-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Ami-Mir-34-P3b Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3b Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3b Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cmi-Mir-34-P3b Cpi-Mir-34-P3b Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3b Gga-Mir-34-P3b Gja-Mir-34-P3b Hsa-Mir-34-P3b Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3b Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3b Mdo-Mir-34-P3b Mml-Mir-34-P3b Mmu-Mir-34-P3b Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3b Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3b Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3b Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3b Sha-Mir-34-P3b Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3b Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3b Tca-Mir-34 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3b1 Xla-Mir-34-P3b2 Xtr-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold22: 2803312-2803372 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3b) |
Mir-34-P3d
scaffold22: 2802157-2802215 [-]
Mir-34-P3c scaffold22: 2803153-2803209 [-] Mir-34-P3b scaffold22: 2803312-2803372 [-] Mir-34-P3a scaffold22: 2804282-2804344 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCUUGCUCUGCAUGGAGUCUGUGUCUGGUAGGCAGUGUACUGCUAGCUGGCUGCCGUAUCUGGAUGGAGCAGUCACUCCUGCACUGCCACCUGCUGCAGGGCUGGCUCACUGCUGUUUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUUGCUCUGCAUGGAG-- -| CU A CUGCU C CGUAUC UCUGU GU GGU GGCAGUGUA AG UGGCUGC U GGACG CG CCA CCGUCACGU UC ACUGACG G AAUUUGUCGUCACUCGGUCG U^ U- - CC--- - AGGUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cli-Mir-34-P3b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUACUGCUAGCUGGCUGC -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cli-Mir-34-P3b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AGUCACUCCUGCACUGCCAC -61
Get sequence
|