MirGeneDB ID | Cli-Let-7-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-let-7a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Let-7-P1c Cli-Let-7-P1d Cli-Let-7-P2a2 Cli-Let-7-P2a4 Cli-Let-7-P2b1 Cli-Let-7-P2b2 Cli-Let-7-P2b4 Cli-Let-7-P2c1 Cli-Let-7-P2c2 Cli-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a1 Cfa-Let-7-P2a1 Cgi-Let-7 Cmi-Let-7-P2a1 Cpi-Let-7-P2a1 Cpo-Let-7-P2a1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a1 Gja-Let-7-P2a1 Gmo-Let-7-P2a1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a1 Mal-Let-7-P2a1a Mdo-Let-7-P2a1 Mml-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a1 Mun-Let-7-P2a1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2a1 Sha-Let-7-P2a1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a1 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a1c Xla-Let-7-P2a1d Xtr-Let-7-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold581: 22176-22247 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a1) |
Let-7-P2a1
scaffold581: 22176-22247 [+]
Let-7-P2b1 scaffold581: 22616-22692 [+] Let-7-P2c1 scaffold581: 23616-23690 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGGCCUCGGAAGAUGCCUGUGCUGUGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCAUACCCGCAACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUAAAGCAGCAGAAAAUCAACAGUGGAAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGGCCUCGGAAGAUGC- -| G U GU UUAGGGUCAUACC CUG UGCU UGGGA GAG AGUAGGUUGUAUAGUU \ GAC ACGA AUCCU UUC UCAUCUAACAUAUCAA C CGAAGGUGACAACUAAAA G^ A - UG UAGAGGGUCAACG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cli-Let-7-P2a1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cli-Let-7-P2a1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
51- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -72
Get sequence
|