MirGeneDB ID | Cli-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-let-7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Let-7-P1d Cli-Let-7-P2a1 Cli-Let-7-P2a2 Cli-Let-7-P2a4 Cli-Let-7-P2b1 Cli-Let-7-P2b2 Cli-Let-7-P2b4 Cli-Let-7-P2c1 Cli-Let-7-P2c2 Cli-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1c Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1c Cfa-Let-7-P1c Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cpi-Let-7-P1c Cpo-Let-7-P1c Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1c Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1c1 Dre-Let-7-P1c2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1c Gja-Let-7-P1c Gmo-Let-7-P1c2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1c Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1c Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1c Mal-Let-7-P1c2 Mml-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1c Mun-Let-7-P1c Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1c Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1c Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1c Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1c Sha-Let-7-P1c Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1c Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1c Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1c Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1c3 Xla-Let-7-P1c4 Xtr-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold101: 18430669-18430735 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1c) |
Mir-10-P2c
scaffold101: 18429914-18429972 [+]
Let-7-P1c scaffold101: 18430669-18430735 [+] Mir-10-P3c scaffold101: 18463427-18463488 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUCACCGUCGGAAGCUGUGUGCAUCCGGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUAGAGUUACACCCUGGGAGUUAACUGUACAACCUUCUAGCUUUCCUUGGAGCACACUUGAGCCAUCGAGGAAUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCACCGUCGGAAGCUG---| A UU G U UAGAGUUACA UGUGC UCCGGG GAG UAG AGGUUGUAUGGUU \ ACACG AGGUUC UUC AUC UCCAACAUGUCAA C CUUAAGGAGCUACCGAGUUC^ - CU G U UUGAGGGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cli-Let-7-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038379 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cli-Let-7-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038380 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAACCUUCUAGCUUUCC -67
Get sequence
|