| MirGeneDB ID | Cin-Mir-4046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4046 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cin-mir-4046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ci3) |
HT000823.1: 87428-87487 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4046) |
Mir-4073
HT000823.1: 87062-87115 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4046 HT000823.1: 87428-87487 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUACACCCCCUGUACCAGGUUACCAACUCAGGGUGUUGCGUGUUACUUGUGUAUUAUGACAUCAUCAGUAACACGAAUACGUCCUGGAUUGUUCCAUGGUGAUGUCAUCAAUUGGAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUACACCCCCUGUAC--- -| UUAC CU GU UG- U UAUUA CA GG CAA CAGG GU CGUGUUACU GUG \ GU CC GUU GUCC CA GCACAAUGA UAC U UUAGGUUAACUACUGUAGUG A^ UU-- AG UG UAA C UACAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cin-Mir-4046_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGGUGUUGCGUGUUACUUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cin-Mir-4046_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0016582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCAGUAACACGAAUACGUCCUGGA -60
Get sequence
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