MirGeneDB ID | Cfa-Mir-8859-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8859 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAUCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-8859a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-8859-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr18: 46690410-46690471 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8859-P2) |
Mir-8859-P2
chr18: 46690410-46690471 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8859-P1 chr18: 46690581-46690638 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCGGCUCAGUCGGGGUCGGAGCCGGGAUCCGGAGUCCGCCUCGCGGUCCAGCGUCGUGGAUCCGAGUCGUGGAUCGGAGCCGGGGUCCGGAGUCCGCCUCGCGGUCCAGCCUCGUGGUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCGGCUCAGUCGGGGU- -| C GA G C G G UCGUGG CG GAG CGG UCCGGA UCCG CUC CGGUCCA CG A GC CUC GCC AGGCCU GGGC GAG GCUAGGU GC U UCUUGGUGCUCCGACCUG G^ C UG G C - - UGAGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-8859-P2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGAGUCCGCCUCGCGGUCCAGCG -24
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-8859-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0034354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGGAUCGGAGCCGGGGUCCGGA -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-8859a miRDB: MIMAT0034354 |