MirGeneDB ID | Cfa-Mir-8-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-200c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-8-P1a Cfa-Mir-8-P2a Cfa-Mir-8-P2b Cfa-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P1 Cpo-Mir-8-P1b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1b Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1b Lgi-Mir-8 Mdo-Mir-8-P1b Mml-Mir-8-P1b Mmu-Mir-8-P1b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1b Ovu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P1b Sha-Mir-8-P1b Sko-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr27: 38082097-38082159 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1b) |
Mir-8-P2b
chr27: 38081675-38081739 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P1b chr27: 38082097-38082159 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGGACGUGGGCAGGCUGGGUGGGGGCCCCCGUCUUACCCAGCAGUGUUUGGGUGCUGGUUGGGAGUCUCUAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGAGGCCCCUGCCCCUGUGUCAGCGACAUCUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGACGUGGGCAGGCU-- UG C -| A U GUGCUGG GGG GGGGCC CCGUC UUACCC GCAGUGUU GG U CCC CCCCGG GGUAG AAUGGG CGUCAUAA CU U UAUCUACAGCGACUGUGUC GU A U^ C U CUGAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-8-P1b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-8-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA -63
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-200c miRDB: MIMAT0006664 |