MirGeneDB ID | Cfa-Mir-7-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-7-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-7-P1 Cfa-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P2 Ami-Mir-7-P2 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P2 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P2 Cmi-Mir-7-P2 Cpi-Mir-7-P2 Cpo-Mir-7-P2 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P2 Dre-Mir-7-P2b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P2 Gga-Mir-7-P2c Gga-Mir-7-P2d Gja-Mir-7-P2 Gmo-Mir-7-P2a Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P2 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P2 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P2 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P2a Mdo-Mir-7-P2 Mml-Mir-7-P2 Mmu-Mir-7-P2 Mun-Mir-7-P2 Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P2 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P2 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P2 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o2 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P2 Sha-Mir-7-P2 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P2 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P2 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P2 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P2e Xla-Mir-7-P2f Xtr-Mir-7-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr1: 75509765-75509828 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAUUCAGUGGAUGUUGGUCUAGUUCUGUGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUUUUAGAUAACUAAAUCGACAACAAAUCACAGUCUGCCAUAUGGCACAGGCCAUGCCUCUACAGGACAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAUUCAGUGGAUGUUG---| A U A A U UUUAGAU GUCU GU CUGUGUGG AGACU GUGAUUU GUUGUU A CGGA CA GGUAUACC UCUGA CACUAAA CAACAG A UAAACAGGACAUCUCCGUAC^ - C G - - CUAAAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-7-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-7 miRDB: MIMAT0006634 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-7-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAACAAAUCACAGUCUGCCAUA -64
Get sequence
|