MirGeneDB ID | Cfa-Mir-671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-671 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-671 Cpo-Mir-671 Dno-Mir-671 Ete-Mir-671 Hsa-Mir-671 Mml-Mir-671 Mmu-Mir-671 Ocu-Mir-671 Rno-Mir-671 Sha-Mir-671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr16: 15278792-15278851 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGCUGGUGAACUGGCAGGCCAGGAAGAGGAGGAAGCCCUGGAGGGGCUGGAGGUGAUGGAUGUUUUCCUCCGGUUCUCAGGGCUCCACCUCUUCCGGGCCGUGGAGCCAGGGCUGGUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGCUGGUGAACUGGCA--| A A A GA UGAUGG GGCC GGAAGAGG GGA GCCCUG GGGGCUGGAGG \ CCGG CCUUCUCC CCU CGGGAC UCUUGGCCUCC A CGUGGUCGGGACCGAGGUG^ G A - -- UUUUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-671_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGAAGCCCUGGAGGGGCUGGAGG -24
Get sequence
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Star sequence | Cfa-Mir-671_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0009926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCCGGUUCUCAGGGCUCCACC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-671 miRDB: MIMAT0009926 |