| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-615 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCGAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-615 Cpo-Mir-615 Ete-Mir-615 Hsa-Mir-615 Mml-Mir-615 Mmu-Mir-615 Ocu-Mir-615 Rno-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr27: 1230453-1230515 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-615) |
Mir-615
chr27: 1230453-1230515 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-196-P4 chr27: 1270718-1270776 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGCUUCCAGCGACUCGGGAGGGGCGGGAGGGGGGUCCCCGGAGCUCGGUCUCGAGGGUGCUUAUUGUUCGGUCCGAGCCCGGGUCUCCCUCUCCCCCCAGCCCUCAGCCCCUACGGCUGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCUUCCAGCGACUCG---| AG C UC A U CGAGGGUG GG GGG GGGAGGGGGG CCCGG GCUCGG CU C CC CCC CCCUCUCCCU GGGCC CGAGCC GG U GACGUCGGCAUCCCCGACUC^ GA - CU - U CUUGUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-615_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009920 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGGUCCCCGGAGCUCGGUCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-615 miRDB: MIMAT0009920 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-615_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UCCGAGCCCGGGUCUCCCUCU -63
Get sequence
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