MirGeneDB ID | Cfa-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-599 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-599 Bta-Mir-599 Cli-Mir-599 Cpi-Mir-599 Ete-Mir-599 Hsa-Mir-599 Lch-Mir-599 Mdo-Mir-599 Mml-Mir-599 Mmu-Mir-599 Mun-Mir-599 Oan-Mir-599 Ocu-Mir-599 Pbv-Mir-599 Sha-Mir-599 Spt-Mir-599 Tgu-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr13: 1538941-1538999 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-599) |
Mir-599
chr13: 1538941-1538999 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 chr13: 1539088-1539144 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAUGCCAAAGACCUGCUGUCCACAGUGUGUUUGAUAAGCUGACAUGGGACAGGGAUUCUUUUCACUGUUGUGUCAGUUUAUCAAACCCAUACCUGGAUGACACUCAAUUCAGCUAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAUGCCAAAGACCUGCU-- CA-| U GG GGGAUU GUCCA GUG GUUUGAUAAGCUGACAU GACA C UAGGU UAC CAAACUAUUUGACUGUG UUGU U GAGAUCGACUUAACUCACAG CCA^ C -- CACUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-599_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGAUAAGCUGACAUGGGACA -22
Get sequence
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Star sequence | Cfa-Mir-599_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0009919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUGUGUCAGUUUAUCAAACCC -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-599 miRDB: MIMAT0009919 |