MirGeneDB ID | Cfa-Mir-506-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGUCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-508b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-506-P1 Cfa-Mir-506-P2d Cfa-Mir-506-P2e Cfa-Mir-506-P3a Cfa-Mir-506-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P3 Cpo-Mir-506-o3 Dno-Mir-506-P3 Hsa-Mir-506-P3 Mml-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 115658609-115658666 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P3b) |
Mir-506-P1
chrX: 115652425-115652482 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P2d chrX: 115652721-115652779 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3a chrX: 115658398-115658456 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3b chrX: 115658609-115658666 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2e chrX: 115665393-115665450 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P7 chrX: 115688019-115688076 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCCACCACCUUCAGCUGAGUGUAGUGCUCUACUUGAGAGGGUGACAUUCACAGAUACUGGACAUGACUGUCACCUUUUUUGAGUACAGUAAUGCACAUUUUAUACAAUCUAUAUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCCACCACCUUCAGCUGA-- G C UG -| U CAGAUA GUGUA UGCU UACU A GAGGGUGACA UCA \ CACGU AUGA AUGA U UUUCCACUGU AGU C UGGUAUAUCUAACAUAUUUUA A C GU U^ C ACAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-506-P3b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUUGAGAGGGUGACAUUCA -21
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-506-P3b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0034425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUGUCACCUUUUUUGAGUACA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-508b miRDB: MIMAT0034425 |