MirGeneDB ID | Cfa-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-490 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-490 Ami-Mir-490 Bta-Mir-490 Cli-Mir-490 Cpi-Mir-490 Cpo-Mir-490 Dno-Mir-490 Ete-Mir-490 Gga-Mir-490 Gja-Mir-490 Hsa-Mir-490 Mdo-Mir-490 Mml-Mir-490 Mmu-Mir-490 Oan-Mir-490 Ocu-Mir-490 Pbv-Mir-490 Rno-Mir-490 Sha-Mir-490 Spt-Mir-490 Tgu-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr16: 11628315-11628374 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGCUGGUGUGCAAAGUUCAUUGUUCGACACCAUGGAUCUCCAGGUGGGUCACGUUUAGAGAUACACCAACCUGGAGGACUCCAUGCUGUUGAGCUGUUCACGAGCAGCGGACACUUCUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGCUGGUGUGCAAAGUUCAUU--- C --| G CACGUUU GUUCGACA CAUGGA UCUCCAGGU GGU \ CGAGUUGU GUACCU GGAGGUCCA CCA A AUCUUCACAGGCGACGAGCACUUGU C CA^ A CAUAGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-490_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCAUGGAUCUCCAGGUGGGU -20
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-490_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAACCUGGAGGACUCCAUGCUGU -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-490 miRDB: MIMAT0009875 |