MirGeneDB ID | Cfa-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-452-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-452-v1 Cpo-Mir-452-v1 Ete-Mir-452-v1 Hsa-Mir-452-v1 Mml-Mir-452-v1 Mmu-Mir-452-v1 Ocu-Mir-452-v1 Rno-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 119926390-119926450 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-452-v1) |
Mir-224
chrX: 119925345-119925413 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-452-v1 chrX: 119926390-119926450 [-] UCSC Ensembl Mir-452-v2 chrX: 119926391-119926447 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUCCUGUCUUGGAAAUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGUAACUACAUCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGUCCCUCAGAGGACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUCCUGUCUUGGAAAU--| U AA GU G A CUUUGU GC AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGA \ CG UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUCU A GACAGGAGACUCCCUGAAC^ U AA -- A C ACAUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-452-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009900 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGA -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-452 miRDB: MIMAT0009900 |
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Co-mature sequence | Cfa-Mir-452-v1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGU -61
Get sequence
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