MirGeneDB ID | Cfa-Mir-378 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-378 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-378 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-378 Cpo-Mir-378 Dno-Mir-378 Ete-Mir-378 Hsa-Mir-378 Mml-Mir-378 Mmu-Mir-378 Ocu-Mir-378 Rno-Mir-378 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr4: 59276347-59276406 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGCCAGCGGGUGACAGAGCCACCCAGGGCUCCUGACUCCAGGUCCUGUGUGUUACCUCGAAAUAGCACUGGACUUGGAGUCAGAAGGCCUGAGUGGAGUCGCCUUCCCCACUCUCUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCCAGCGGGUGACA- G-| C G C U GUUACC GA CCAC CAGG CU CUGACUCCAGGUCC GUGU U CU GGUG GUCC GA GACUGAGGUUCAGG CACG C GGUCUCUCACCCCUUCCG GA^ A G A U AUAAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-378_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCCUGACUCCAGGUCCUGUGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-378_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACUGGACUUGGAGUCAGAAGGC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-378 miRDB: MIMAT0006683 |