| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-328 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGCCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-328 Cpo-Mir-328 Dno-Mir-328 Ete-Mir-328 Hsa-Mir-328 Mml-Mir-328 Mmu-Mir-328 Ocu-Mir-328 Rno-Mir-328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr5: 82166209-82166269 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUCCUGGGCUGUUUCGGAGCCUGGAGCAGGGGGGCAGGAAGGGCUCAGGGAGAAAGUGUGUGCAGCCCCUGGCCCUCUCUGCCCUUCCGUCCCCCGUUCCCAGACACGCUGUGCCCAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGUCCUGGGCUGUUUC--| CU AG A GA U AGAAAGU GGAGC GG C GGGGGGCAG AGGGC CAGGG G CCUUG CC G CUUCCCGUC UCCCG GUCCC U UGACCCGUGUCGCACAGAC^ CC CU C UC - CGACGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although there is a templated T at the 3' end of the 3p arm, the post-transcriptional addition of a terminal 3' U is supported by the 3' offset reads in cow in addition to the 3p reads in armadillo where the T is not templated. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-328_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGGGCAGGAAGGGCUCAGGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-328_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUGGCCCUCUCUGCCCUUCCG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-328 miRDB: MIMAT0006688 |
