MirGeneDB ID | Cfa-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-217-v2 Ami-Mir-217-v2 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v2 Cli-Mir-217-v2 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v2 Cpo-Mir-217-v2 Dno-Mir-217-v2 Dre-Mir-217-v2 Ete-Mir-217-v2 Gga-Mir-217-v2 Gja-Mir-217-v2 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v2 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v2 Mmu-Mir-217-v2 Mun-Mir-217-v2 Oan-Mir-217-v2 Ocu-Mir-217-v2 Pbv-Mir-217-v2 Rno-Mir-217-v2 Sha-Mir-217-v2 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v2 Tgu-Mir-217-v2 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr10: 56754575-56754635 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-217-v2
chr10: 56754575-56754635 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 chr10: 56754576-56754634 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b chr10: 56761455-56761516 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a chr10: 56772853-56772914 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUAAUUACUACGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAGAAUGGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCCUCAGUGAACACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAAUUACUACGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAGA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U CCACAAGUGACUCCGAACAAAU^ ACU C U A - ACUGGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-217-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-217 miRDB: MIMAT0009850 |
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Star sequence | Cfa-Mir-217-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
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