MirGeneDB ID | Cfa-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-188-P1 Cfa-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P2 Cpo-Mir-188-P2 Dno-Mir-188-P2 Hsa-Mir-188-P2 Mml-Mir-188-P2 Mmu-Mir-188-P2 Ocu-Mir-188-P2 Rno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 42774680-42774738 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P2) |
Mir-188-P2
chrX: 42774680-42774738 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P1 chrX: 42775072-42775131 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v1 chrX: 42779871-42779932 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v2 chrX: 42779872-42779931 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1 chrX: 42780369-42780427 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 42783965-42784023 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 42785601-42785660 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGAACCUUCUGACUUGCUUUCUCUCUUACAUGCCUUGAGUGUAGGACCGUUGGUAUCUUAAUUACCCUCCCACACCCAAGGCUUGCAGGAGGGCAAGCCACCUCCUUCCUCUCCUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAACCUUCUGACUU--| U A U A A CC UGGUAU GCUU CUCUCUU CA GCCUUG GUGU GGA GU \ CGAA GGGAGGA GU CGGAAC CACA CCU CA C UAUCCUCUCCUUCCUCCAC^ C C U C C CC UUAAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-188-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006758 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUGCCUUGAGUGUAGGACCGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-532 miRDB: MIMAT0006758 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-188-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUCCCACACCCAAGGCUUGCA -59
Get sequence
|