MirGeneDB ID | Cfa-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-188-P2 Cfa-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P1 Cpo-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P1 Hsa-Mir-188-P1 Mml-Mir-188-P1 Mmu-Mir-188-P1 Ocu-Mir-188-P1 Rno-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 42775072-42775131 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P1) |
Mir-188-P2
chrX: 42774680-42774738 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P1 chrX: 42775072-42775131 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v1 chrX: 42779871-42779932 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v2 chrX: 42779872-42779931 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1 chrX: 42780369-42780427 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 42783965-42784023 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 42785601-42785660 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGUGAGCCUUUCCCUGCUCCCUCUCUCACAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGUGAGCUUUUUGAAAACCCCUCCCACAUGCAGGGUUUGCAGGAUGGUGAGCCUCAGCUUUCCUUGCUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAGUGAGCCUUUCCCU-- -| UC CA UC GU UGAGCUU GCUC CC UCU CA CCUUGCAUG GGAGGG U CGAG GG AGG GU GGGACGUAC CCUCCC U CUCUCGUUCCUUUCGACUC U^ U- AC UU AC CAAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The Dicer cut is consistently +3 across mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-188-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-188 miRDB: MIMAT0009880 |
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Star sequence | Cfa-Mir-188-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUCCCACAUGCAGGGUUUGCA -60
Get sequence
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