MirGeneDB ID | Cfa-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-187 Ami-Mir-187 Bta-Mir-187 Cli-Mir-187 Cpi-Mir-187 Cpo-Mir-187 Dno-Mir-187 Dre-Mir-187 Ete-Mir-187 Gga-Mir-187 Gja-Mir-187 Gmo-Mir-187 Hsa-Mir-187 Lch-Mir-187 Loc-Mir-187 Mal-Mir-187 Mdo-Mir-187 Mml-Mir-187 Mmu-Mir-187 Mun-Mir-187 Oan-Mir-187 Ocu-Mir-187 Rno-Mir-187 Sha-Mir-187 Spt-Mir-187 Tgu-Mir-187 Tni-Mir-187 Xtr-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr7: 54261947-54262004 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCUCGCCACGACUCGGUGUGAGACCUCGGGCUACAACACGGGACCCGGGCGCUGCUCCGACCCCUCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGGAGGGACGCAGGUCCACAGCAGAGCCUGCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGCUCGCCACGACUCGG---| AGA G A C CGCUGC UGUG CCUC GGCU CAACACGGGAC CGGG U ACGC GGAG CCGA GUUGUGUUCUG GCUC C CACGUCCGAGACGACACCUGG^ AG- G C U CCCAGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. The 3' end of the 3p arm is also likely monoadenylated when not monouridylated despite the templated adenosine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-187_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUACAACACGGGACCCGGGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-187_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009843 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGG -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-187 miRDB: MIMAT0009843 |