MirGeneDB ID | Cfa-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Gmo-Mir-181-P2a1 Hsa-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mal-Mir-181-P2a1 Mdo-Mir-181-P2a Mml-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Tni-Mir-181-P2a1 Xla-Mir-181-P2a3 Xla-Mir-181-P2a4 Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr7: 4055651-4055710 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a) |
Mir-181-P1a
chr7: 4055465-4055526 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2a chr7: 4055651-4055710 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGAGAUUAUUUUUUCAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUGAACUGUGUGGACAAGCUCACUGAACAAUGAAUGCAACUGUGGCCCGCUUUUUGCAGACACAAUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGAGAUUAUUUUUUCAAA-| AUCAA CUG GAACUG GGUCACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUU U CCGGUGU GUAAGUAAC AGUCACUCGA G CCUAACACAGACGUUUUUCGC^ CAAC- A-- ACAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-181-P2a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-181b miRDB: MIMAT0006708 |
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Star sequence | Cfa-Mir-181-P2a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CUCACUGAACAAUGAAUGCA -60
Get sequence
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