MirGeneDB ID | Cfa-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-15a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1a Bta-Mir-15-P1a Cin-Mir-15-P1 Cli-Mir-15-P1a Cmi-Mir-15-P1a Cpi-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1a Dno-Mir-15-P1a Dre-Mir-15-P1a1 Dre-Mir-15-P1a2 Ete-Mir-15-P1a Gga-Mir-15-P1a Gja-Mir-15-P1a Gmo-Mir-15-P1a2 Hsa-Mir-15-P1a Lch-Mir-15-P1a Loc-Mir-15-P1a Mal-Mir-15-P1a2 Mdo-Mir-15-P1a Mml-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1a Mun-Mir-15-P1a Oan-Mir-15-P1a Ocu-Mir-15-P1a Rno-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1a Spt-Mir-15-P1a Sto-Mir-15-P1a Tgu-Mir-15-P1a Tni-Mir-15-P1a2 Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xtr-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr22: 1846880-1846938 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1a) |
Mir-15-P1a
chr22: 1846880-1846938 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2a chr22: 1847020-1847084 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUUAAAAAACAAAAACCUUGGAGUAAAGUAGCAGCACAUAAUGGUUUGUGGAUUUUGAAAAGGUGCAGGCCAUAUUGUGCUGCCUCAAAAAUACAAGGAUCUGAUCUUCUGAAGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUUUAAAAAACAAAAA--| GAGUAAAGUA UA GGAUUUU CCUUG GCAGCACA AUGGUUUGU \ GGAAC CGUCGUGU UACCGGACG G AAAGAAGUCUUCUAGUCUA^ AUAAAAACUC UA UGGAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-15-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-15a miRDB: MIMAT0006647 |
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Star sequence | Cfa-Mir-15-P1a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGGCCAUAUUGUGCUGCCUCA -59
Get sequence
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