MirGeneDB ID | Cfa-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-146b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-146-P1 Ami-Mir-146-P1 Bta-Mir-146-P1 Cli-Mir-146-P1 Cmi-Mir-146-P1 Cpi-Mir-146-P1 Cpo-Mir-146-P1 Dno-Mir-146-P1 Dre-Mir-146-P1 Ebu-Mir-146 Ete-Mir-146-P1 Gga-Mir-146-P1 Gja-Mir-146-P1 Gmo-Mir-146-P1 Hsa-Mir-146-P1 Lch-Mir-146-P1 Loc-Mir-146-P1 Mal-Mir-146-P1 Mdo-Mir-146-P1 Mml-Mir-146-P1 Mmu-Mir-146-P1 Mun-Mir-146-P1 Oan-Mir-146-P1 Ocu-Mir-146-P1 Pbv-Mir-146-P1 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P1 Sha-Mir-146-P1 Spt-Mir-146-P1 Tgu-Mir-146-P1 Tni-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr28: 14940550-14940609 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGGCUGAGAGAACGCUGGCCACCUGGCUCUGAGAACUGAAUUCCAUAGGCUGUGAGCUUGAGCAAACAGCCUAGGGACUCAGUUCUGGUGCCCGGCUGUGCUCUACCGUCAAUAUGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGCUGAGAGAACGCUG - -| U U G A A GAGCU GC CA CC GGC CU AGAACUGA UUCC UAGGCUGU U CG GU GG CCG GG UCUUGACU AGGG AUCCGACA G GAGGUAUAACUGCCAUCU U C^ C U - C - AACGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-146-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUAGGCUGU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-146b miRDB: MIMAT0006667 |
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Star sequence | Cfa-Mir-146-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AGCCUAGGGACUCAGUUCUGGU -60
Get sequence
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