MirGeneDB ID | Cfa-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-139 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-139 Ami-Mir-139 Bta-Mir-139 Cli-Mir-139 Cmi-Mir-139 Cpi-Mir-139 Cpo-Mir-139 Dno-Mir-139 Dre-Mir-139 Ete-Mir-139 Gja-Mir-139 Gmo-Mir-139 Hsa-Mir-139 Lch-Mir-139 Loc-Mir-139 Mal-Mir-139 Mdo-Mir-139 Mml-Mir-139 Mmu-Mir-139 Mun-Mir-139 Oan-Mir-139 Ocu-Mir-139 Pbv-Mir-139 Rno-Mir-139 Sha-Mir-139 Spt-Mir-139 Sto-Mir-139 Tgu-Mir-139 Tni-Mir-139 Xla-Mir-139-P1 Xla-Mir-139-P2 Xtr-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr21: 25597024-25597082 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCGGGCGCCAGGACUGGGCUCAGGUGUAUUCUACAGUGCACGUGUCUCCAGUGUGGCUCCGAGGCUGGAGACGCGGCCCUGUUGGAAUAACAACUGAAGCCGGAGUCUGCGGAGGGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCGGGCGCCAGGACUGG - G - -| U A GUGGC GC UCAG UG UAUUCU ACAG GC CGUGUCUCCAGU \ CG AGUC AC AUAAGG UGUC CG GCGCAGAGGUCG U GCGGGAGGCGUCUGAGGC A A A U^ C - GAGCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-139_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUACAGUGCACGUGUCUCCAGU -23
Get sequence
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Star sequence | Cfa-Mir-139_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0006645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGGAGACGCGGCCCUGUUGGAAU -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-139 miRDB: MIMAT0006645 |