MirGeneDB ID | Cfa-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-103-P2 Cfa-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P1 Ami-Mir-103-P1 Bta-Mir-103-P1 Cli-Mir-103-P1 Cmi-Mir-103-P1 Cpi-Mir-103-P1 Cpo-Mir-103-P1 Dno-Mir-103-P1 Dre-Mir-103-P1a Dre-Mir-103-P1b Ete-Mir-103-P1 Gga-Mir-103-P1 Gja-Mir-103-P1 Hsa-Mir-103-P1 Lch-Mir-103-P1 Loc-Mir-103-P1 Mal-Mir-103-P1a Mdo-Mir-103-P1 Mml-Mir-103-P1 Mmu-Mir-103-P1 Mun-Mir-103-P1 Oan-Mir-103-P1 Ocu-Mir-103-P1 Pbv-Mir-103-P1 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o1 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P1 Sha-Mir-103-P1 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P1 Spu-Mir-103 Sto-Mir-103-P1 Tgu-Mir-103-P1 Tni-Mir-103-P1a Xbo-Mir-103 Xla-Mir-103-P1c Xla-Mir-103-P1d Xtr-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Deuterostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr28: 4484651-4484710 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUGCAGUAUUCGAUAUUCUCUCUGCUUUCAGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUGUGGCAUGGAGUUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCAAAGCAUAGAGAGCUUGCUGCAGCUGAGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUGCAGUAUUCGAUAU-- C C--| U U C UGGCA UCUCU UGCUUU AGCU CU UACAGUGUUGC UUG U AGAGA ACGAAA UCGG GA AUGUUACGACG AAC G CCGGAGUCGACGUCGUUCG U CUA^ - C - UUGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-103-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-103-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-107 miRDB: MIMAT0006666 |