MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Cel-Mir-29-P1

Family name MIR-29 (all species)
Seed AGCACCA
Species Roundworm (Caenorhabditis elegans)
MiRBase ID cel-mir-49
Paralogues Cel-Mir-29-P2 
Orthologues Aae-Mir-29-P1  Aca-Mir-29-P1b-v1  Aca-Mir-29-P1b-v2  Aca-Mir-29-P1d-v1  Aca-Mir-29-P1d-v2  Ami-Mir-29-P1b-v1  Ami-Mir-29-P1b-v2  Ami-Mir-29-P1d-v1  Ami-Mir-29-P1d-v2  Asu-Mir-29-P1  Bfl-Mir-29-P1  Bge-Mir-29-P1k  Bge-Mir-29-P1l  Bla-Mir-29-P1  Bta-Mir-29-P1b-v1  Bta-Mir-29-P1b-v2  Bta-Mir-29-P1d7-v1  Bta-Mir-29-P1d7-v2  Bta-Mir-29-P1d8-v1  Bta-Mir-29-P1d8-v2  Cbr-Mir-29-P1  Cfa-Mir-29-P1b-v1  Cfa-Mir-29-P1b-v2  Cfa-Mir-29-P1d-v1  Cfa-Mir-29-P1d-v2  Cgi-Mir-29-P1  Cli-Mir-29-P1b-v1  Cli-Mir-29-P1b-v2  Cli-Mir-29-P1d-v1  Cli-Mir-29-P1d-v2  Cmi-Mir-29-P1b  Cmi-Mir-29-P1d  Cpi-Mir-29-P1b-v1  Cpi-Mir-29-P1b-v2  Cpi-Mir-29-P1d-v1  Cpi-Mir-29-P1d-v2  Cpo-Mir-29-P1b-v1  Cpo-Mir-29-P1b-v2  Cpo-Mir-29-P1d-v1  Cpo-Mir-29-P1d-v2  Cte-Mir-29-P1  Dan-Mir-29-P1  Dme-Mir-29-P1  Dmo-Mir-29-P1  Dno-Mir-29-P1b-v1  Dno-Mir-29-P1b-v2  Dno-Mir-29-P1d-v1  Dno-Mir-29-P1d-v2  Dre-Mir-29-P1b1  Dre-Mir-29-P1d1  Dre-Mir-29-P1d2  Dsi-Mir-29-P1  Dya-Mir-29-P1  Ebu-Mir-29-P1e  Ebu-Mir-29-P1f  Efe-Mir-29-P1i  Efe-Mir-29-P1j  Esc-Mir-29-P1  Ete-Mir-29-P1b-v1  Ete-Mir-29-P1b-v2  Ete-Mir-29-P1d-v1  Ete-Mir-29-P1d-v2  Gga-Mir-29-P1b-v1  Gga-Mir-29-P1b-v2  Gga-Mir-29-P1d-v1  Gga-Mir-29-P1d-v2  Gja-Mir-29-P1b-v1  Gja-Mir-29-P1b-v2  Gja-Mir-29-P1d-v1  Gja-Mir-29-P1d-v2  Gmo-Mir-29-P1b1  Gmo-Mir-29-P1b2  Gmo-Mir-29-P1d1  Gmo-Mir-29-P1d2  Hme-Mir-29-P1  Hsa-Mir-29-P1b-v1  Hsa-Mir-29-P1b-v2  Hsa-Mir-29-P1d-v1  Hsa-Mir-29-P1d-v2  Lan-Mir-29-P1g  Lan-Mir-29-P1h  Lch-Mir-29-P1b  Lch-Mir-29-P1d  Loc-Mir-29-P1b-v1  Loc-Mir-29-P1b-v2  Loc-Mir-29-P1d  Mal-Mir-29-P1b1-v1  Mal-Mir-29-P1b1-v2  Mal-Mir-29-P1b2-v1  Mal-Mir-29-P1b2-v2  Mal-Mir-29-P1d1  Mal-Mir-29-P1d2-v1  Mal-Mir-29-P1d2-v2  Mdo-Mir-29-P1b-v1  Mdo-Mir-29-P1b-v2  Mdo-Mir-29-P1d-v1  Mdo-Mir-29-P1d-v2  Mml-Mir-29-P1b-v1  Mml-Mir-29-P1b-v2  Mml-Mir-29-P1d-v1  Mml-Mir-29-P1d-v2  Mmu-Mir-29-P1b-v1  Mmu-Mir-29-P1b-v2  Mmu-Mir-29-P1d-v1  Mmu-Mir-29-P1d-v2  Mun-Mir-29-P1b  Mun-Mir-29-P1d-v1  Mun-Mir-29-P1d-v2  Npo-Mir-29-P1  Oan-Mir-29-P1b-v1  Oan-Mir-29-P1b-v2  Oan-Mir-29-P1d-v1  Oan-Mir-29-P1d-v2  Obi-Mir-29-P1  Ocu-Mir-29-P1b-v1  Ocu-Mir-29-P1b-v2  Ocu-Mir-29-P1d-v1  Ocu-Mir-29-P1d-v2  Ovu-Mir-29-P1  Pbv-Mir-29-P1b-v1  Pbv-Mir-29-P1b-v2  Pbv-Mir-29-P1d-v1  Pbv-Mir-29-P1d-v2  Pfl-Mir-29-P1  Pma-Mir-29-P1o1  Pma-Mir-29-P1o2  Pmi-Mir-29-P1  Rno-Mir-29-P1b-v1  Rno-Mir-29-P1b-v2  Rno-Mir-29-P1d5-v1  Rno-Mir-29-P1d5-v2  Rno-Mir-29-P1d6-v1  Rno-Mir-29-P1d6-v2  Sha-Mir-29-P1b-v1  Sha-Mir-29-P1b-v2  Sha-Mir-29-P1d-v1  Sha-Mir-29-P1d-v2  Sko-Mir-29-P1  Spt-Mir-29-P1b  Spt-Mir-29-P1d  Spu-Mir-29-P1  Sto-Mir-29-P1b  Sto-Mir-29-P1d  Tca-Mir-29-P1  Tgu-Mir-29-P1b-v1  Tgu-Mir-29-P1b-v2  Tgu-Mir-29-P1d-v1  Tgu-Mir-29-P1d-v2  Tni-Mir-29-P1b1  Tni-Mir-29-P1b2  Tni-Mir-29-P1d1  Tni-Mir-29-P1d2  Xbo-Mir-29-P1  Xla-Mir-29-P1b3  Xla-Mir-29-P1b4  Xla-Mir-29-P1d3  Xla-Mir-29-P1d4  Xtr-Mir-29-P1b-v1  Xtr-Mir-29-P1b-v2  Xtr-Mir-29-P1d 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(ce11)
chrX: 9989302-9989363 [+] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GCUAGUGUACUUUUGAAAAAGACCACCGUCCGCAGUUUGUUGUGAUGUGCUCCAAGCAAUCAUGAGUCUGAAGCACCACGAGAAGCUGCAGAUGGAGGUUCUGAUUUUCGAACGAGUUCAGA
Get precursor sequence
Structure
        10        20          30        40        50        60 
GCUAGUGUACUUUUGAAAAA--|   A     C       G     AU     C  AGCAAU 
                      GACC CCGUC GCAGUUU UUGUG  GUGCU CA      C
                      UUGG GGUAG CGUCGAA AGCAC  CACGA GU      A
AGACUUGAGCAAGCUUUUAGUC^   A     A       G     --     A  CUGAGU 
120       110       100        90        80          70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
 +
Wt Da Ea Mi Yo Yo
Star sequence

Cel-Mir-29-P1_5p*

mirBase accessionMIMAT0020309
Sequence
0- CGCAGUUUGUUGUGAUGUGCUCCA -24
Get sequence
Mature sequence

Cel-Mir-29-P1_3p

mirBase accessionMIMAT0000020
Sequence
40- AAGCACCACGAGAAGCUGCAGA -62
Get sequence
Proposed targets microrna.org: MIMAT0000020
TargetScanWorm: cel-miR-49