| MirGeneDB ID | Cel-Mir-279-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-279-o8 Cel-Mir-279-o9 Cel-Mir-279-o10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bpl-Mir-279 Cbr-Mir-279-o7 Cgi-Mir-279 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrII: 11890038-11890103 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o7) |
Mir-5594
chrII: 11865130-11865187 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-279-o8 chrII: 11880959-11881025 [-] UCSC Ensembl Mir-36-P8 chrII: 11889823-11889891 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o4 chrII: 11889930-11889992 [+] UCSC Ensembl Mir-279-o7 chrII: 11890038-11890103 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAGGCCUCUGAAAAGAGAAAAUGGCCAAUCUGGAUGUGCUCGUUGGUCAUAGACGUCAACACGAACUGUUCAUAUGACUAGAGACACAUUCAGCUUGGCCUGCUUCUCUAGUUUUGAAUUUUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAGGCCUCUGAAAAGA-- AAU U -| GU GACGUCAACA GAA GGCCAA CUGGAUGUG CUC UGGUCAUA \ CUU CCGGUU GACUUACAC GAG AUCAGUAU C ACUUUUUAAGUUUUGAUCU CGU C A^ -- ACUUGUCAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the Drosophila Mir-279s relate to the other invertebrate Mir-279s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-279-o7_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGAUGUGCUCGUUGGUCAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-279-o7_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UGACUAGAGACACAUUCAGCU -66
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000015 TargetScanWorm: cel-miR-44 |
