MirGeneDB ID | Cel-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bfl-Mir-252-P1-v2 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Bla-Mir-252-P1-v2 Cbr-Mir-252-P1 Cgi-Mir-252-P1 Csc-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1a Dan-Mir-252-P1b Dma-Mir-252-P1-v1 Dma-Mir-252-P1-v2 Dme-Mir-252-P1a Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1a Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1a Dsi-Mir-252-P1b Dya-Mir-252-P1a Dya-Mir-252-P1b Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lpo-Mir-252-P1c Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 11004746-11004806 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUAUUAAUUCAACUUUCAAUGACCCCUUGUUAAGUAGUGGUGCCGCUCUUAUUAGGUUGAAAAGUAAUAAGAGUAGUUCACUACUUAUCAAGGUGAAAUUUGAAAUUUUAUUUCAAUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUAUUAAUUCAACUUU- UGACC-| U U CG AGGUU CAA CCUUG UAAGUAGUGG GC CUCUUAUU G GUU GGAAC AUUCAUCACU UG GAGAAUAA A GUGUAACUUUAUUUUAAA UAAAGU^ U - AU UGAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cel-Mir-252-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGUAGUGGUGCCGCUCUUAUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000307 TargetScanWorm: cel-miR-251 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cel-Mir-252-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAAGAGUAGUUCACUACUUAUCA -61
Get sequence
|