MirGeneDB ID | Bfl-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-252a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-252-P1-v1 Bfl-Mir-252-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bge-Mir-252-P2-v2 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cgi-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dan-Mir-252-P2-v2 Dma-Mir-252-P2 Dme-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v2 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v2 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v2 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v2 Dya-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v2 Hme-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Isc-Mir-252-P2-v2 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Npo-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2g Xbo-Mir-252-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049982.1: 20092666-20092725 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2) |
Mir-252-P2
NC_049982.1: 20092666-20092725 [-]
UCSC
Mir-252-P1-v2 NC_049982.1: 20093381-20093449 [-] UCSC Mir-252-P1-v1 NC_049982.1: 20093383-20093447 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGAAGCACCAGUGAUUGGCCUGCCCCAUGCUAAGUACUAGUGCCGCAGGUGUCUGUGUUUAUUGUACCCCUGCAGACUGGUGCUUAACGUGGAACAGGUAAUAAUGACACCUAGCUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGAAGCACCAGUGAUUG--| CC C GCC U CUGUGU GCCUG CCAUG UAAGUACUAGU GCAGG GU \ UGGAC GGUGC AUUCGUGGUCA CGUCC CA U UUAUCGAUCCACAGUAAUAA^ AA A GA- C UGUUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bfl-Mir-252-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUAAGUACUAGUGCCGCAGGUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bfl-Mir-252-P2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCCCUGCAGACUGGUGCUUAACG -60
Get sequence
|