| MirGeneDB ID | Asu-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-750 Bge-Mir-750 Bpl-Mir-750 Cgi-Mir-750 Csc-Mir-750-P8 Csc-Mir-750-P9 Cte-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Lpo-Mir-750-P7 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ovu-Mir-750 Sme-Mir-750 Tca-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold33: 575078-575140 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-750
Scaffold33: 575078-575140 [+]
Mir-1175 Scaffold33: 575559-575621 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAACAAUUUCAGUGGUCGAGUUUAUGGCAGUUGGAGGUUAGAUCUCGGGCAGAGCAUAUUCGGUUAUGCCAGAUCUAUUACUUCCAACUGACAUCGACUCGUCCUCAUUUAUUCCUCCUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAACAAUUUCAGUGGU-- U G --| CG GAGCAUA CGAGUU AUG CAGUUGGAGGU UAGAUCU GGCA \ GCUCAG UAC GUCAACCUUCA AUCUAGA CCGU U CAUCCUCCUUAUUUACUCCU C A UU^ -- AUUGGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Asu-Mir-750_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGGAGGUUAGAUCUCGGGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Asu-Mir-750_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCAGAUCUAUUACUUCCAACUGA -63
Get sequence
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