MirGeneDB ID | Asu-Mir-36-o28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | asu-mir-36b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Asu-Mir-36-o27 Asu-Mir-36-o29-v1 Asu-Mir-36-o29-v2 Asu-Mir-36-o30 Asu-Mir-36-o31 Asu-Mir-36-o32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-36 Cgi-Mir-36 Cte-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Isc-Mir-36 Npo-Mir-36 Tca-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold800: 98613-98672 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-o28) |
Mir-5350-P6
Scaffold800: 97547-97610 [-]
Mir-279-o26 Scaffold800: 97897-97956 [-] Mir-2-o10 Scaffold800: 98049-98111 [-] Mir-36-o28 Scaffold800: 98613-98672 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUGUUGCUGUGCUUUCAAUGUGGCCGAUCGUGAGUGUUUGCGACGGUUAGCGUCUGGUAUCGGUGCUCACCGGGUGAACAUUCAUUAUCGGCCCAUUGGCUUUGCUGGCUAAUAGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUUGUUGCUGUGCUUU---| U C UG GA U GUCUGG CAAUG GGCCGAU GUGAGUGUU C CGGU AGC \ GUUAC CCGGCUA UACUUACAA G GCCA UCG U GUCGAUAAUCGGUCGUUUCG^ - U GU G- C UGGCUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Asu-Mir-36-o28_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUGAGUGUUUGCGACGGUUAGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Asu-Mir-36-o28_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCACCGGGUGAACAUUCAUUAU -60
Get sequence
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