MirGeneDB ID | Ami-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-8-P1a Ami-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P3a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P3 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P3 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P3a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P3a Cgi-Mir-8 Cli-Mir-8-P3a Cmi-Mir-8-P3a Cpi-Mir-8-P3a Cpo-Mir-8-P3a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P3a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P3a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P3a Gga-Mir-8-P3a Gja-Mir-8-P3a Gmo-Mir-8-P3a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P3a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P3a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P3a Mal-Mir-8-P3a Mdo-Mir-8-P3a Mml-Mir-8-P3a Mmu-Mir-8-P3a Mun-Mir-8-P3a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P3a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P3a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P3a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P3a Sha-Mir-8-P3a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P3a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P3a Tca-Mir-8 Tni-Mir-8-P3a Xla-Mir-8-P3a1 Xla-Mir-8-P3a2 Xtr-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711487.1: 9503591-9503649 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P3a) |
Mir-8-P1a
NW_017711487.1: 9496712-9496771 [+]
UCSC
Mir-8-P2a NW_017711487.1: 9499084-9499144 [+] UCSC Mir-8-P3a NW_017711487.1: 9503591-9503649 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCCUCUAGCCUGAGUGCCUGCUGAUUGACGUCUUACCAGACAAAGUUAGAUCUAGCUAUUUUCGUCUAAUACUGUCUGGUAAUGCCGUUGAUCGCACUGGCAAAAUCUUCGCCUUCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUCCUCUAGCCUGAGUG- --| U UG - C AA UCUAGC CC UGC GAU ACG U UUACCAGACA GUUAGA U GG ACG CUA UGC G AAUGGUCUGU UAAUCU A CACUUCCGCUUCUAAAAC UC^ - GU C U CA GCUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ami-Mir-8-P3a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCUUACCAGACAAAGUUAGA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ami-Mir-8-P3a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038280 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAUACUGUCUGGUAAUGCCGU -59
Get sequence
|