MirGeneDB ID | Ami-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-7a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-7-P1 Ami-Mir-7-P2 Ami-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P4 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P4 Cfa-Mir-7-P4 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P4 Cmi-Mir-7-P4 Cpi-Mir-7-P4 Cpo-Mir-7-P4 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P4 Dre-Mir-7-P4b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P4 Gga-Mir-7-P4 Gja-Mir-7-P4 Gmo-Mir-7-P4a Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P4 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P4 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P4 Loc-Mir-7-P4-as Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P4a Mdo-Mir-7-P4 Mml-Mir-7-P4 Mmu-Mir-7-P4 Mun-Mir-7-P4 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P4 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P4 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o4 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P4 Sha-Mir-7-P4 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P4 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P4 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P4 Xbo-Mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708796.1: 115157-115219 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGCGCUGCCGCUCGUCGUCUGGCUCUGCGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUCUGACUUAUAAAGGUGACAACAAAUCAUAGCCUGCCAUACAGCACAGACUCGCACCACGCGCCAAUAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGCGCUGCCGCUCGUC---| GCU CG A A G U CUGACUU GUCUG CUG UGG AG CUA UGAUUU GUUGUU \ CAGAC GAC ACC UC GAU ACUAAA CAACAG A GGAUAACCGCGCACCACGCU^ AC- AU G C - - UGGAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ami-Mir-7-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ami-Mir-7-P4_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAACAAAUCAUAGCCUGCCAUA -63
Get sequence
|